Europa-Kommissionen skal kontrollere, at medlemslandene overholder EU's fælles regler og reagere. Det indebærer bl.a. en kontrol af, at medlemslandene gennemfører direktiver korrekt og til tiden. Kommissionen kan anlægge en retssag mod en medlemsstat, hvis medlemsstaten ikke implementerer et direktiv inden for tidsfristen, eller hvis implementeringen er mangelfuld. Medlemslandene har for det meste en frist på to-tre år til at gennemføre et direktiv. Kommissionen skal orienteres, når bestemmelserne i direktivet er på plads i den nationale lovgivning. Danmark hører til blandt de lande, som gennemfører de fleste direktiver til tiden. Det betyder, at Danmark havner i færre retssager end mange af de andre lande.

EU's såkaldte habitatregler er et eksempel på et direktiv, som Danmark har gennemført.

Danmark har udvalgt flere end 250 naturområder, som man vil sikre ekstra beskyttelse, de såkaldte habitatområder. Habitatområderne skal bl.a. beskytte naturtyper, der er i fare for at forsvinde i deres naturlige udbredelsesområde og dyre- og plantearter, der er truede, sårbare eller sjældne. Alle EU's medlemslande har tilsvarende udpeget habitatområder. Arbejdet med habitatområderne går helt tilbage til 1992, hvor EU vedtog det såkaldte habitatdirektiv. Medlemslandene kan selv afgøre, hvilke naturområder de vil udpege, og hvordan de vil beskytte dem. Nogle lande har valgt at frede områderne helt, mens andre lande har tilladt turisme og økologisk landbrug i og omkring områderne.