Kommissionen har ved brev af 8. november 2006 meddelt Sverige, at den har besluttet at indlede proceduren efter EF-traktatens artikel 88, stk. 2, med hensyn til ovennævnte støtteforanstaltning om fritagelse for CO2-afgift for brændstoffer, der er omfattet af EU’s direktiv for handel med kvoter for drivhusgasemissioner. Beslutningen er offentliggjort i EU-Tidende den 7. december 2006, og Kommissionen har opfordret interesserede parter til at sende deres bemærkninger vedrørende den omhandlede støtteforanstaltning senest en måned efter offentliggørelsen af dens beslutning.
Kommissionen åbnede ved brev af 26. september 2006 en lignende undersøgelsesprocedure i statsstøttesagen C 41/2006 – Danmark vedrørende godtgørelse af CO2- afgiften for det kvoteomfattede brændselsforbrug i industrien. Regeringen sendte sine bemærkninger til Kommissionen ved brev af 24. november 2006. Den svenske sag ligner på centrale områder den danske sag, og Kommissionens foreløbige vurdering og dens betænkeligheder er derfor stort set identiske i de to sager. Regeringen henviser i svaret til de argumenter, der er anført i brevet af 24. november 2006, hvorefter såvel de af den danske som den svenske regering anmeldte foranstaltninger er i overensstemmelse med fællesskabsretten, samt at de ikke indebærer statsstøtte, subsidiært, at de bør kunne godkendes i henhold til traktatens artikel 87, stk. 3, litra c).
Den af den svenske regering anmeldte ordning omfatter afgiftsfritagelse for brændsel, der anvendes i kvoteomfattede virksomheder indenfor industri- og energisektoren, og går ud på følgende:
-    Brændsel anvendt i industriproduktion og brændsel anvendt til varmeproduktion i visse højeffektive kraftvarmeanlæg fritages fuldstændig for CO2- og energiafgift.
-    Brændsel anvendt til varmeproduktion i andre kraftvarmeanlæg fritages fuldstændig for energiafgift, og skal betales 7 pct. af CO2 afgiften.
-    Af brændsel anvendt i fjernvarmeproduktionsanlæg skal der fortsat betales fuld energiafgift og 86 pct. af CO2-afgiften.
Formålet med den anmeldte foranstaltning, som er lidt mere omfattende end den danske, eftersom den også indeholder en lempelse for brændsler, der anvendes til varmefremstilling i kvoteomfattede kraftvarmeværker og en mindre lempelse for fjernvarmeværker, er at undgå den dobbeltregulering, som er opstået ved indførelsen af EU’s kvotesystem fra 1. januar 2005. Den anmeldte foranstaltning skal sikre, at de svenske CO2-reduktioner gennemføres på en omkostningseffektiv måde. På sigt er det meningen, at CO2-reduktionerne på det kvoteomfattede område alene skal opnås gennem kvotesystemet, medens afgifterne gradvis skal udfases, når der er råderum i statsbudgettet til det.
Der argumenteres i svaret for, at det er i afgiftssystemets natur og logik at fjerne afgifter, som efter indførelsen af CO2-kvotesystemet den 1. januar 2005 ikke længere har nogen miljøeffekt. Som følge heraf er de svenske foranstaltninger ikke omfattet af traktatens statsstøtteregler.
Subsidiært argumenteres der for, at de af den svenske regering anmeldte foranstaltninger vil kunne godkendes i henhold til traktatens artikel 87, stk. 3, litra c), enten på grundlag af miljørammebestemmelserne eller på grundlag af de bagved liggende kriterier og hensyn, som har ligget til grund for miljørammebestemmelserne. Der argumenteres endvidere for, at den anmeldte foranstaltning er i overensstemmelse med energibeskatningsdirektivets enkelte bestemmelser og direktivets overordnede mål.