Gennem Danmarks indsats i Afghanistan bidrages til etableringen af et stabilt demokratisk Afghanistan med respekt for menneskerettigheder. Det er en langsigtet proces. Opgør med fortiden – Transitional justice - har været et af de områder som Danmark har været med til at fremme i Afghanistan. Den afghanske regering har i 2006 i samarbejde med den Uafhængige Afghanske Menneskerettighedskommision (støttet af Danmark) og FN's mission i Afghanistan udarbejdet en handlingsplan for opgør med fortiden. Planen opererer med fem forskellige "nøgleaktiviteter", herunder et retsligt opgør med personer som har forbrudt sig mod menneskerettighederne, som skal føre til fred, stabilitet, retfærdighed og national forsoning. Det står klart at et retsligt opgør inden for en overskuelig fremtid vil blive vanskeligt bl.a. på grund af det dårligt fungerende afghanske retssystem.

Efterfølgende har underhuset i 2007 vedtaget en amnestilov for tidligere krigsforbrydelser og andre menneskerettighedskrænkelser.  Dette strider imod de universelle menneskerettigheder og dermed også den afghanske forfatning. Præsident Karzai fik dog modificeret loven forud for vedtagelsen, således at de krænkede personer – men ikke staten – kan rejse sager om krigsforbrydelser. Selv med denne modifikation er det internationale samfund fortsat stærkt bekymrede for, hvad dette vil betyde i praksis. 

I forhold til den fremtidige indsats vil Danmark fortsat lægge pres på den afghanske regering med henblik på screening af politiske kandidater og ansøgere til offentlige stillinger.

Der blev op til parlamentsvalget i 2005 foretaget en screeningsproces af kandidaterne til parlamentsvalget. Nogle kandidater blev ekskluderet pga. af en tydelig tilknytning til væbnede grupper og i nogle fÃ¥ tilfælde blev offentligt ansatte udelukket fordi de - imod valgreglerne - var fortsat i deres offentlige stillinger efter at have registreret deres kandidatur. Kort efter parlamentsvalget vurderede FN og EU's udsending, at der blandt underhusets folkevalgte medlemmer alligevel var personer, som havde direkte eller indirekte forbindelse til væbnede grupper, der var involveret i kriminalitet eller som med stor sandsynlighed har begÃ¥et krigsforbrydelser og overtrædelser af menneskerettighederne. At man lod disse kriminelle stille op og blive valgt, skyldes det ikke-fungerende afghanske retssystem. SÃ¥ længe der ikke var retslige anklager (eller domme) mod en given kandidat, kunne vedkommende ikke fratages sin ret til at opstille til valget. 

Det er vigtigt, at screeningsprocessen af kandidaterne forstærkes i forbindelse med de forventede kommende valg i 2009 (præsidentvalg) og i 2010 (parlamentsvalg).

Desuden er der nu etableret en forhåndsvurdering af ansøgere til karrierestillinger indenfor den offentlige forvaltning.