Det strukturelle underskud er et medlemslands underskud renset for konjunkturudsving. Enestående og pludselige indtægter og udgifter regnes ikke med, og dermed skulle tallet give et retvisende billede af en nations økonomiske situation. Forskellen på den faktiske budgetsaldo og budgetsaldoen renset for konjunkturudsvingenes påvirkning er, hvor stor en del af udviklingen i budgetsaldoen, der kan tilskrives den såkaldte cykliske komponent og dermed påvirkningen af de offentlige finanser.

Ifølge stabilitets- og vækstpagten skal eurolande og ikke-eurolande, der deltager i fastkurssamarbejdet ERM II, sigte mod en såkaldt mellemfristet budgetmålsætning (MTO), hvor budgetsaldoen (cyklisk korrigeret og uden engangsforanstaltninger og midlertidige foranstaltninger) ligger i intervallet -1 pct. af BNP til balance eller overskud. Ifølge finanspagten må deltagerlandene som hovedregel ikke have et årligt strukturelt underskud, der overstiger 0,5 pct. af BNP. Hvis medlemslandene har en strukturel budgetsaldo i balance, vil medlemslandet være i stand til at modstå en normal lavkonjunktur uden at overskride stabilitets- og vækstpagtens krav om et maksimalt budgetunderskud på tre procent af BNP.